雖然國內外高溫蒸煮軟包裝已經發展了多年，但是在實際使用中依然還有很多常見的質量問題，有包材生產過程中出現的，也有在使用過程中由于對于高溫蒸煮軟包裝了解不足夠或者使用適合剛性罐頭殺菌的殺菌設備而沒有必要的調整工藝而出現。常見問題有以下幾個方面。

1、漲袋：主要原因有高溫蒸煮軟包裝封口處被污染造成假封，導致氧氣進入袋內，因此細菌繁殖造成漲袋；或者在封口處由于封口隧道而沒有完全密封，內容物變質發酵而出現漲袋；或者是選擇了阻隔性不好的原材料，使得氧氣進入導致內容物變質而漲袋；也有在生產或者運輸過程中包裝袋受到內容物骨刺或者外部異物尖銳所刺或者摩擦等現象而出現袋面穿孔，同樣會導致污染內容物而變質漲袋等。

2、爆袋（破袋）：由于蒸煮時反壓控制不當，造成袋子內部壓力遠大于高溫蒸煮鍋內的環境壓力，會引起漲袋甚至爆袋。如果內容物所裝是液體，在生產和運輸過程中嚴重的顛簸會導致袋子內部的液體過度沖擊袋子的封邊而可能導致破袋。或者由于漲袋嚴重而使得封邊承受不了壓力而爆袋。

3、高溫蒸煮后袋面出現皺褶：由于原材料選擇不當，造成復合材料中不同組分的原材料對蒸煮時溫度的敏感性有明顯差異，出現變形量不同而導致袋面皺褶；另外由于反壓壓力控制不好，反壓過大而導致材料發生永久性形變；同樣也有可能在進行真空封口時，真空度過大，導致材料變形等。

4、熱封邊破裂：此現象出現的可能原因有在高溫蒸煮軟包裝制袋工序中封口溫度和壓力過高，導致破壞材料降低了封邊的強度；或者在封邊處出現了熱封氣泡，造成了熱封邊的局部薄弱點而在外力影響下產生破裂；膠粘劑或者油墨選擇不當，在熱封高溫高壓下或者在高溫蒸煮時的高溫和高壓導致復合強度降低，出現復合剝離，最終使得封口強度僅僅是熱封層材料的強度，當支撐不住內外力時就會出現封邊破裂。